サーバのportsをアップグレードし、passengerのapacheモジュールをビルドした
httpd.confの以下を書き換え
LoadModule passenger_module /usr/local/lib/ruby/gems/1.9/gems/passenger-4.0.2/libout/apache2/mod_passenger.so PassengerRoot /usr/local/lib/ruby/gems/1.9/gems/passenger-4.0.2 PassengerDefaultRuby /usr/local/bin/ruby19